第二集中，尼奥(🆓)（基努·(🥇)里维斯(🏽) Keanu Reeves 饰）没(🔧)有能从内部摧(cuī )毁“母体”，他的(de )身体(🎾)在真(🌫)实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人(rén )”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂(🗞)（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥(ào )的情况，在守护天使的带领(🕯)下， 找(🤘)到了(❕)“火车人”的控(👊)制者梅罗纹(wén )奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻(💏)击(jī )，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势(shì )危在旦夕(xī )；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服(fú )重重困难，到达机器(🤼)城市，尼奥终于见到了机(⛴)器世界的统治者“机器大帝”，双(shuāng )方谈判并达成了协议：尼奥除(chú )掉不受“母体”控制的史密斯，以(yǐ )换(🗒)取锡安的和平。　　在“母体”中(zhōng )，尼(ní )奥和史密斯展(zhǎn )开了关系人类生死存亡的最后决斗。